通惠河是元明清三代京通漕运的咽喉要道和大运河世界遗产的重要组成部分。明嘉靖七年，伴随通惠河再次疏浚通漕，朝廷专设工部都水清吏司郎中一员，负责督理通惠河并兼管通州至天津之间运河河道，沿河闸坝、堤岸、水道之修治，州县卫所管河官吏人夫之提调，河工经费之征解，通州仓及砖木等厂之修缮，均是其职责范围。通惠河郎中的专设，标志着明代通惠河管理体制的确立以及京杭大运河分段管理模式的最终完成，是维持明后期至清前期京通至天津间漕运畅通的关键性制度保障。

元末至明前期，通惠河运道湮塞，漕船北上，只能停靠在通州南十二里之张家湾，再雇车马、脚力将部分漕粮陆运至京。京通之间六十余里的运费成本极大。“国家大计，容受之多，车不如船，阴雨之行，陆不如水，舟车并进，脚价倍省，此闸河所以不可废也！”是故明中期以来，朝中有识之士不断上疏请求重开通惠河行漕。

晚明通惠河郎中的专设，大幅提升了通惠河在整个大运河中的地位，标志着明代通惠河管理体制的确立以及京杭大运河分段管理模式的最终完成，是维持明后期至清前期京通至天津间漕运畅通的关键性制度保障。明代通惠河管理制度为清朝所延续。清顺治初年，仍设工部通惠河分司，驻扎通州管理河道，差汉司官一员，三年更带。顺治十二年（1655），添差满洲理事官一员、笔帖式一员，一年更代。十四年，裁满官，三年更代。康熙元年（1662）复设，后裁设不常。至康熙四十年（1701）裁撤工部通惠河分司，通惠河河道归并于通永道管理。